Der Ort liegt im Hochschwarzwald, in dem hoch gelegenen Tal des Flüsschens Haslach, das am südöstlichen Rand des Gemeindegebiets in die Gutach fließt, die ab da Wutach heißt. Von Südwesten läuft auf den Ort das Urseetal, ein Gletschertal, zu.

Der höchste Punkt der Gemeinde liegt mit 1.192 m am Hochfirst im Gemeindeteil Saig an der Grenze zur Gemeinde Titisee-Neustadt. Vom Turm auf dem Hochfirst aus hat man bei guter Sicht Ausblick in die Schweizer und bei klarster Sicht bis in die französischen Alpen.

Lenzkirch ist umgeben von den Gemeinden Titisee-Neustadt, Friedenweiler, Löffingen, Bonndorf, Schluchsee, Feldberg und Hinterzarten, die außer Bonndorf alle zum Landkreis Breisgau-Hochschwarzwald gehören.

Zur Gemeinde Lenzkirch gehören die Ortschaften Lenzkirch (3341 E.), Saig (812 E.), Kappel (785 E.), Raitenbuch (152 E.) und Grünwald (etwa 50 E.).

Das Klima in Lenzkirch zeichnet sich dadurch aus, dass es durch besonders reine Luft schonende Wirkung und durch hohen Sauerstoffanteil, Wind und viel Sonne anregende Wirkung auf den Organismus hat, weshalb Lenzkirch das Prädikat „Heilklimatischer Kurort“ führen darf.